Die Geschichte des Ortes Niederjahna lässt sich bis ins 12. Jahrhundert zurückverfolgen. In dieser Zeit bildete sich ein Herrensitz mit Gutshof heraus. Dieser befand sich im Besitz der Meinheringer, der Burggrafen von Meißen. Die älteste urkundliche Erwähnung stammt aus dem Jahr 1309. Damals gehörte Jahna zum Eigenbesitz der verwitweten Burggräfin Sophia.
Der Ort gehört zu den slawischen Kleinsiedlungen der Lommatzscher Pflege, die schon vor der deutschen Kolonisation bestanden haben müssen. Der Ortsname leitet sich vom altsorbischen „Kanin“ ab und bedeutet „Siedlung des Kanja“."Kanja" steht übersetzt für den Greifvogel "Milan". Bis heute kreisen über Niederjahna regelmäßig Milane. Im 16. Jahrhundert veränderte sich der Anlaut von K- zu J-, wohl in Anlehnung an das Dorf Jahna (Gemeinde Ostrau). Das Rittergut in Niederjahna trug mindestens seit dem 17. Jahrhundert den amtlichen Namen Jahna.
Seit dem 15. Jahrhundert befand sich der Herrensitz in der Hand niederadliger Familien. Nach dem Aussterben der Meinheringer gelangte Niederjahna unter die Lehnshoheit der Kurfürsten von Sachsen. Das Rittergut Jahna gehörte von 1437 bis 1579 der thüringischen Adelsfamilie Mönch und kam dann an die in der Umgebung Meißens begüterte Familie von Schleinitz. Das Dorf war bis 1945 eine Gutssiedlung im Tal des Jahnabaches und konzentrierte sich auf das Rittergut. Außer dem Rittergut gab es nur wenige Häuser, darunter zwei Mühlen. Bauernhöfe, wie in vielen Dörfern der Lommatzscher Pflege, gab es nicht. Im 19. Jahhrundert wurden der Gasthof und eine Schule gebaut. Beide Gebäude stehen heute noch.
Die Einwohnerzahl und soziale Zusammensetzung des Dorfes änderten sich nach 1945 durch Ansiedlung zahlreicher Flüchtlinge und Vertriebener, die überwiegend aus Schlesien kamen. Nach Durchführung der Bodenreform wurden 13 Neubauernhäuser errichtet, davon fünf im Garten des Ritterguts.In den folgenden Jahrzehnten wuchs der Ort stetig - ein neuer Kindergarten wurde gebaut und eine neue Schule. Heute leben etwa 370 Einwohner im Ort.
Heute wird in Niederjahna keine Landwirtschaft mhr betrieben, Das Dorf ist zu einer Wohnsiedlung geworden, wobei sich vor allem am Rand des Ortes einzelne Gewerbebetriebe angesiedelt haben. Durch die Lage im Grünen bei gleichzeitig guter Anbindung an die Infrastruktur Meißens hat Niederjahna als Wohnstandort zunehmend an Attraktivität gewonnen. Mehrere Bauprojekte sorgten für einen Zuzug junger Familien. Eine Investorin aus Bayern errichtete in der Dorf- und Querstraße Reihenhäuser mit Eigentumswohnungen. Außerdem erschloss sie auf früherem Ackerland das Wohngebiet Niederjahna-Nord.
Das 2011 bis 2013 sanierte Herrenhaus Niederjahna ist Sitz des Zentrums für Kultur//Geschichte, einer überregional bedeutsamen Forschungseinrichtung. Hier entstehen die „Sächsischen Heimatblätter“, die größte landeskundliche Zeitschrift Sachsens. Im Erdgeschoss befindet sich seit 2017 die evangelisch-lutherische Kapelle St. Donatus, die für Gottesdienste und andere Veranstaltungen genutzt wird.
